秦晖的学术－思想路径大体上经历着微观－宏观－微观、问题－主义－问题、书斋－社会－书斋、具体－抽象－具体的认识发展过程。早年以土地制度－农民战争史为方向，时段立足于明清变革，地域专注于关中农村社会，后来渐及传统经济－社会－思想的许多领域。作为知识界与思想界的活跃者，秦晖从1990年代中期起积极参与了当代中国的一系列“主义”论争与“问题”讨论。与金雁合作进行中国与俄苏东欧“传统到共产体制”、“共产体制到公民社会”的双重转轨比较。同时把当代“问题与主义”讨论的心得结合历史反思，开展了对中国传统（社会与思想，尤其是二者的联系与互动）的再探讨。

     80年代初秦晖主要研究农民史（土地制度史与农民战争史）。自80年代后期他转向研究经济史（主要为古代商品经济史及中外比较经济史）。90年代他致力于结合历史研究与现实研究，在结合社会调查与历史文献分析的基础上建立农民学；包括狭义农民学（对农民、农业与农村社区的研究）与广义农民学（农民国家、农业文明与传统社会及其演进、改革与现代化的研究）。他主持了一系列乡村调查，主编了《农民学丛书》首批六本。

秦晖《王气黯然：宋元明陕西史》山西人民出版社----已出版

      《政府与企业以外的现代化：中西公益事业史比较研究》浙江大学出版社----已出版